באמצעות שמירה על מספר כללים יכול כל אחד מאיתנו לאפות עוגה בעלת מראה נהדר שאינה נופלת ברמתה מכל עוגת גבינה שהיינו פוגשים בקונדיטוריה איכותית.
כדי למנוע הופעתם של גושים או "חורים" במרקם העוגה חשוב להקפיד על הקצפה נכונה של חלבוני הביצה והסוכר. אין להקציף יותר מדי את החלמונים והסוכר, כיוון שבמקרה כזה הקצף יאבד את האווריריות שלו. בנוסף לכך, מומלץ מאוד שלא להוסיף מרכיבים נוספים להקצפה (כגון תמצית וניל וכדומה) אלא לערבב אותם בנפרד ולהוסיף אותם לקצף מאוחר יותר. כך תתקבל עוגת גבינה חלקה ואחידה.
אחת הבעיות המוכרות באפיית עוגת גבינה היא הופעתם של סדקים ו"בקעים" במרקם העוגה. הסיבה לכך היא שכאשר התערובת מתחממת הנוזלים שבגבינות גורמים לעוגה להתנפח עד שהיא פשוט מתפוצצת כמו בלון. אחת הדרכים להימנע מהתופעה הזו היא באמצעות שימוש בגבינות שאחוז השומן בהן הוא גבוה יחסית, אך אז נתקלים בבעיה כאשר רוצים לאפות עוגת גבינה דלת קלוריות.
מסיבה זו ישנם כאלו אשר ממליצים להכין עוגת גבינה אך ורק מגבינות רזות שעברו סינון של הנוזלים, באמצעות רשת, או מסננת שעליהם מניחים את הגבינות למספר שעות. אפשרות נוספת היא להשתמש באבקת קורנפלור אשר מביאה למרקם אחיד יותר. כדאי לציין בהקשר זה כי מדובר אך ורק בבעיה אסתטית, ואפשר ליהנות מן העוגה ומן הטעם שלה גם כאשר פני השטח שלה אינם חלקים, ולכן ישנם כאלה שמתעלמים מן התופעה ואינם מייחסים לה חשיבות.
ישנם מקרים בהם צריך להוציא את עוגת הגבינה מן התנור במהלך האפייה ולתת לה "לצנוח" מעט. עוגת גבינה צוברת אוויר חם בתוכה והוא זה שגורם לה לעיתים לעלות גבוה מדי. כאשר מוציאים את העוגה מן התנור האוויר החם יכול להשתחרר לחלל המטבח ואז ניתן להחזיר את העוגה להמשך האפייה. אפשר לשקול גם להנמיך את טמפרטורת האפייה כדי לשלוט על התהליך, ובכל מקרה להציץ מדי פעם בתנור ולבדוק האם יש צורך בצינון נוסף.
